Dans l'atmosphère déchirée par la guerre et empoisonnée de Nu Earth, Rogue Trooper est un fantassin génétique, membre d'une escouade d'élite de troupes de clones de génie biologique, créé pour surmonter l'atmosphère hostile de la planète, sans entraves dans leur lutte contre l'ennemi, la République du Nord.

Après avoir été témoin de la trahison et de l'anéantissement de son équipe lors du massacre de Quartz Zone, Rogue est devenu un déserteur, déterminé à traquer le traître qui a envoyé ses frères d'armes à leur mort.

Armé des dernières armes expérimentales, l'arsenal de Rogue lui offre un avantage crucial sur ses adversaires ; des biopuces codées contenant les personnalités numérisées de ses camarades tombés au combat sont stockées dans son arme, son casque et son sac à dos, chacun offrant son expertise et son assistance uniques, permettant à Rogue de déjouer stratégiquement un ennemi sophistiqué.

Le jeu est un mélange d'action intense à la 3e personne et d'éléments de furtivité de nouvelle génération, avec une IA de ligne de visée complexe, plusieurs voies de jeu, une utilisation tactique complète de votre équipement à puce biologique et un gameplay en ligne à la fois solo et multijoueur.