Dans Prince of Persia: The Two Thrones, le prince de Perse retourne dans son royaume pour le trouver décimé par la guerre et tourné contre lui. Vous incarnez alors le prince qui manipule le temps ou son diabolique alter ego, alors qu'il tente de reprendre le trône qui lui appartient.
Il y a maintenant deux personnages distincts, chacun avec ses propres capacités et son propre passé, alors que vous explorez l'environnement urbain de Babylone. Prince of Persia : The Two Thrones ajoute de nouvelles capacités des Sables du Temps et un tout nouveau décor pour le troisième chapitre de l'histoire de Prince of Persia.
