Une toute nouvelle histoire arrive alors que Naruto affronte différents défis pour défendre le village caché de Konoha et les villages environnants contre les forces du mal qui cherchent à les dominer.

Une ancienne organisation, que l'on croyait dissoute, est toujours active et recherche des orbes pour ressusciter une terreur mécanique. Naruto et tous les Genin du village caché de Konoha doivent maintenant s'allier à ceux du village caché de Suna pour arrêter cette menace.