Après avoir tenté d'intercepter un avion non identifié, l'intégralité du 108e escadron de chasse tactique a été détruite. Alors que la base brouille ses défenses et passe au rouge, vous et vos coéquipiers, pilotes de chasse d'élite, êtes appelés à protéger votre nation natale d'Osea.

Les missions d'Ace Combat 5 consistent à engager des avions ennemis dans des combats aériens, à détruire des cibles au sol et à prendre des décisions en une fraction de seconde.

Avec Wingman Command, qui vous permet de donner des ordres et de coordonner des attaques de groupe, le destin d'un escadron entier est entre vos mains.