Une toute nouvelle histoire arrive alors que Naruto fait face à différents défis pour défendre le village de la feuille cachée et les villages environnants de la force du mal qui tente de le dominer.

Une ancienne organisation, que l'on croyait dissoute, est vivante et à la recherche d'orbes pour ressusciter une terreur mécanique. C'est maintenant à Naruto et à tous les Genin Hidden Leaf de s'associer à ceux du Hidden Sand Village pour arrêter cette menace.