Ape Escape 3 est un jeu d'action/plates-formes. L'infâme Specter envoie ses singes équipés de leur casque afin de diffuser une émission à la bêtise hypnotique qui plongera l'humanité dans une catatonie cathodique totale.

A vous d'empêcher ce désastre sans nom, muni des désormais célèbres filet et bâton paralysant, accessoires de base pour se lancer dans la chasse.